Есть ли какие то ограничения на это?
Был опыт миграции WSS Services 3.0 до SharePoint 2010. Там, в базе данных контента, (не помню уже зачем) создавал простую таблицу.

Так вот при миграции на новую версию, шарик "споткнулся" об эту мою кастомную таблицу, и мастер отказался продолжать процесс миграции. Но это была миграция.

Мои опасения связаны с тем, что не запустит ли шарик процесс проверки "валидности" или "здоровья" базы, и обнаружит что там не всё ОК?

Кто что думает?