1. Можно ли держать qml (содержащие в себе полностью приложение) на своем собственном сервере? Приложение его выкачивает для своей работы. Приложение хотелось бы разместить в apple\google store.

Пример кода:

int main(int argc, char *argv[])
{
QApplication app(argc, argv)

QQuickView view;
view.setsource(QUrl(" http://example.com/main.qml"));
view.show();

return app.exec;
}

Взят из доки
http://www.slideshare.net/jeremylaine/serving-qml-applications-over-the-network
(страница 11)

А если взять другие гибридные фреймворки, например cordova\phonegap. (Может какие еще есть кроме qt, cordova\phonegap ?)
Никто не пробовал размещать cordova\phonegap приложение в appstore, которое работает\выкачивает свои файлы с логикой со своего сервера?

Вот например из доков cordova:
https://cordova.apache.org/docs/en/latest/guide/next/

1) SPA Is Your Friend
First and foremost - your Cordova applications should adopt the SPA (Single Page Application) design. Loosely defined, a SPA is a client-side application that is run from one request of a web page. The user loads an initial set of resources (HTML, CSS, and JavaScript) and further updates (showing a new view, loading data) is done via AJAX. SPAs are commonly used for more complex client-side applications. GMail is a great example of this. After you load GMail, mail views, editing, and organization are all done by updating the DOM instead of actually leaving the current page to load a completely new one.

Т.е. как бы напрямую намекают что хостить приложение надо у себя.