Если обращаться по id, то дисейблится только поле ввода сама картинка с календариком для выбора даты продолжает работать.
И сразу же второй вопрос в эту тему:
почему соскакивает значения элемента на первоначальное(дефолтное) в апексе, стоит только задесейблить его?
Т.е. допустим есть 2 datepickera, переключающиеся по клику на чекбокс(т.е. datepicker невыбранный становится disable). После нажатия на кнопку выполнить, по которой отображается отчет на основании выбранных параметров, задесейбленный datepicker показывает дефолтное значение(аналогично если на javascript писать элементы типа select list). Если не дисэйблить элементы - значения сохраняются.

А как это правильно сделать?

Точно, их же можно скрывать, спасибо)