несколько соображений.

Скорость в первом случае будет немного выше, так как отсутсвует промежуточный слой DBI.. Но есть нюанс, DBI/DBD когда подставляет значение в statement, сразу заменяет все опасные символы в значении (типа " на \" ), в случае awk можно и ошибку поймать в sql выражении..

Я бы посоветовал

1) посмотреть на insert delayed вместо insert.. Ну это конечно на ваше усмотрение..

2) Вставлять insert into... values (...),(...),(...) вместо того чтобы на каждую запись отдельный insert. Это быстрее..

3) Запретить индексы на момент вставки. см. ALTER TABLE ... DISABLE KEYS, alter table ... enable keys.

4) еще вариант - с помощью awk/perl/sed преобразовать лог в вид, пригодный для load data infile, и потом загнать данные в mysql с помощью этой команды или с помощью утилиты mysqlimport. Это _намного_ быстрее..