Возможный вариант: Для SQL сервера установлена опция автоматического пожирания ОЗУ. До начала репликации всё ОК. Когда готовятся данные для репликации, SQL лопает всю доступную память для кэша и не отдаёт её операционке. Операционка получает поток для отправки через выделенку, а памяти для нормальной работы нету Начинается бешанный свопинг, утилизация взлетает до предела. Лечится ограничениями в еде памяти SQL Server. (это были гадания на кофейной гуще)
А что бы получить точный диагноз и назначить лечение, нужно провести стационарное обследование Performance Monitor.