Проапгрейдил тестовую машину, в начале ось потом sql.
Но не хвалило диска, добавил, продолжил. В конце пара ошибок с reporting сервером.
В итоге: все папки для 2016 существуют, но 2016 версии не существует под конфигом, только нормальная работа 2008 версии.
При повторной попытке апгрейда Instalation center просто не видит старой (2008) версии. Для него она уже проапгредина.

Что посоветуете?

Стандартный Ремонт результата не дал.

вопрос снят.

Основные компоненты 2016го оказались в неактивном статусе, и вариант был только один - деинсталяция.

Причины не разбирал, там такой лог, что лень.