Странная задача. Система репликации, особенно такая, чтобы поддерживала те операции о которых Вы говорите - штука очень сложная, но при этом все же уже реализованная. При этом репликация Jet реализована очень хорошо - передаются и изменения структуры и изменения данных.
Может посвятите, зачем ее переписывать заново, скорее всего заведомо хуже?

Можно и поподробнее, но уже и так создается ощущение, что средство для решения задачки (MDB) выбрано несколько примитивное. Для протоколирования и т.п. неплохо бы использовать триггеры, которых нет в MDB, так что если уж и пользоваться Access, то не для хранения данных, а только как клиента. Сервером же лучше сразу делать MSDE и в дальнейшем MS SQL.

что касается коллективной работы разработчиков, то для этого давно создана и хорошо работает MS Visual Source Safe 6b, которая позволяет коллективно работать над проектом Access. SQL Server 2000 сам по себе является продуктом многопользовательским и никто не мешает на нем вести коллективную разработку.

Можно, конечно попробовать все это реализовать и на Jet, к тому же c MDB Access VSS тоже работает, вот только без триггеров гарантировать качественную роаботу системы и целостность данных будет очень сложно, да и репликацию я бы не советовал переписывать, сложно это да и инструмент (Access) не тот, чтобы такое делать. Протоколируйте изменения тогда уж отдельно, а репликацию используйте все же стандартную, она в Jet очень качественно сделана.

VSS 6b (именно эта версия) поставляется в рамках Office 2000 или Office XP Developer и предназначен специально для работы с MS Access 2000 или 2002. Для разных версий Access при этом предназначены разные версии VSS.
Работает вполне прилично, правда у нас опыт работы в основном с проектами (ADP). В ADP VSS держит только клиентскую часть приложения, а также так называемые "Объекты данных и прочие объекты" (Data and misc. objects), к которым относятся меню, панели и спецификации подключения проекта, а также ПОЛНЫЙ СПИСОК ССЫЛОК на страницы доступа к данным. При работе с MDB будет хнаниться так же и полный набор таблиц и запросов, на счет схемы данных не знаю, не пробовал.
Стоит удовольствие примерно $1300 (коробка Office XP Developer), но помимоо VSS включает в себя SQL Server 2000 Personal edition с полным набором инструментов администрирования, Excahange Server 2000 Developer, а также некоторые поледные пакеты разработчика, средства администрирования наборов реплик и лицензию на бесплатное распространение приложений Access на любой число пользователей с правом неограниченной бесплатной инсталляции Access Runtime Edidtion на работчие места пользователей.

P.S. Если все же соберетесь писать синхронизацию в ручную, полезно будет знать, что VSS при работе с Access использует всего два его метода объекта Application:

Application.SaveAsText - сохрнаняет любой объект Access в текстовом формате
Application.LoadFromText - воостанавливает любой объект из текстового формата

Пользуясь этими методами, VSS просто выгоняет объекты в файлы в некотором служебном каталоге и использует потом эти файлы традицилонным образом, а свм VSS цепляется к Access как ActiveX и отслеживает ве попытки изменения объктов, извлекая их при необходимости и возвращая по требованию.