Sleeping Daemon
1. Сделать единую базу данных с разделением доступа для каждого подразделения.
2. Сделать на одном сервере для каждого подразделения свою отдельную базу данных под управлением единого сервера. Всё ПО одинаково и структуры таблиц для всех одинаковы.
Для перехода на централизованную БД важно проанализировать еще множество факторов. Навскидку несколько:
- наличие производительных каналов связи у подразделений и их надежность (дублирование)
- надежность функционирования центральной БД (сервера) - если он даже на короткое время выйдет из строя, допустимо ли это для бизнеса всех подразделений ?
т.е. локальные БД значительно надежней в этом плане, особенно если на верху нужна только статистика. Обычно делается прикладная подсистема репликации для поднятия/спуска нужных изменений.
Тем не менее, по вашему вопросу, тоже нельзя однозначно ответить - многое зависит от наличия серверов приложения, необходимости масштабирования, кол-ва этих подразделений и их БД (одно дело 5-10 штук и совсем другое 50-100), размеров БД, частота и объем сбора основной статистики для центра и т.п.