Стоит всё также разделять системный диск и диски с данными, и в случае виртуалки это как раз принимает особый смысл - бэкапировать виртуалку целиком вместе с системным диском. В случае любого дизастера вы быстро получите состояние машины (конфигурация + поставленый/сконфигурированный софт) и либо подцепите существующие диски, либо накатите на свежесозданные базу уже из своего бэкапа.

При "правильной" виртуализации вам даже и не предложат данные иметь на том же диске, что и систему - ни один не сошедший с ума хостер/cloud provider не будет физически хранить миллион копий типовых инсталляций виндов/Linux'а. Фактически это будет базовый Image + некоторый относительно небольшой diff. Нет, ну только если вы не попросите специально выделенной конфигурации со строго "своими" дисками. Тогда - любой каприз за ваши деньги.

Ну и вопрос, по какой технологии вам выделяется пространство под данные. Есть ли это просто файл, лежащий где-то там на ESX или LUN, выделенный из enterprise level SAN. В любом случае, это может когда-то поменяться, и лучше заранее быть на такой вариант ориентированным.