Запустил из своего приложения fbserver.exe -a, после чего перебираю потоки запущенного процесса и в по каждому потоку перебираю окна и чот их там дофига... Так и должно быть?

Вопрос снят.
Оказалось, что в снапшоте потоков резервируется место для всех потоков, а не только для потоков указанного процесса, но заполненная данными структура, при переборе, возвращается только для потоков процесса (остальные пустые) и надо всегда фильтровать по TREADENTRY32::th32OwnerProcessID.