Какие цели преследуешь?
Если "на пальцах" то виндовс эмбедед собирается под конкретное железо и в целом ничем не отличается от стандартной сборки кроме отсутствием не нужных драйверов и софтов.
Если нужна просто мини ось то посмотри в сторону minuet если проект еще жив, вся ось с иксами и ассемблером умещается на одну дискетку