Делаю так:
Есть поля кол-во партии, остаток партии
Есть доптаблица с привязками (расходы привязаны к приходам) ИДприх, ИДрасх, Кол-во. У полностью привязаной партии остаток=0.
Сумма кол-в (при полной привязке) по ИДприх равна кол-ву в партии.
При сторнировании ч-л удаляются привязки и поправляется кол-во в остатках партий.
При этом "сторно, затем перепроводка" ничего не нарушают. Всё скорее всего привяжется к тем же самым партиям (если не было добавлено новых движений задним числом).

Понятно объяснил ?

трудАголик LSVПонятно объяснил ? Больше всего в этом объяснении меня умиляет вот это
LSVВсё скорее всего привяжется к тем же самым партиям А что Вас рассмешило ? Вы первый раз сталкиваетесь с партионным учётом ?
Если после сторно никаких действий с этой позицией не делали, то применение ляжет туда же, как было до сторно. Если были другие сторно или приход/расход, то тут никаких гарантий.... А как иначе ?
У автора наверно сторнирование создаёт сторно-документ. Т.е. первоначальная партия всё равно будет израсходована, а появляется новая "фиктивная партия", не привязанная(или нестандартно привязаная) к контрагенту. Вот и создаётся иллюзия что все партии израсходованы, хотя реальный их остаток есть.
Типичная ситуация для многих западных систем.
Кстати уже как-то это тут обсуждалось "нужно ли создавать сторно-документ ?"

Не видя систему трудно сказать. Какая у Вас система если не секрет ?