Есть смысл подробно сформулировать требования к хостингу, а потом уже на основании этих требований ваять файловую структуру.
Требования же могут быть самые различные. Наиболее простая структура получается в случае "один пользователь - один сайт" (или "каждому сайту отдельный юникс-пользователь"). Для сервера разработки решение вполне приемлемое - можно легко рулить правами пользователей/разработчиков, случайно испортить "не тот" сайт практически невозможно. Но для типового шаред-хостинга, где у одного пользователя несколько сайтов, да ещё и каждый сайт может иметь свои настройки вебсерверов (фронтенд и бакенд), версию и настройки PHP, чего-то ещё... такой вариант не вполне годится, хотя и имеет какое-то право на жизнь в особо параноидальных случаях.
Если же речь идёт о ВПСке, где живут пара-тройка своих сайтов с одинаковыми движками и настройками PHP, которые кроме Вас никто и не трогает - так и заморачиваться сильно не стоит.