...где используется ASP.NET...
...то контролы которые генерит JavaScript неправильно отображаются...

Это совсем не так!

В этом виноват ИЕ (др. браузеры себя так не ведут). Это ИЕ так рисует DropDownList (или SELECT в HTML).

Точно не помню, но примерно так: этот элемент рисуется не браузером, а берется из винды и является, типа, отдельным окном ИЕ (что-то вроде IFRAME), поэтому его ничем (кроме IFRAME) перекрыть не получится (какой бы большой z-index не был у "верхнего" элемента)

Кто знает в чем причина и самое главное как это исправить
Я делал календарь на JS с использованием DIV, и в один момент заметил, что SELECTы перекрывают мой календарь. Порыскал по инету и узнал, что IFRAME перекрывает SELECT (теперь и мой календарь тоже :).