Интерфейс можно как угодно организовывать, в том числе и в виде кросстабов (хотя лично я тут кроме геммора ничего не вижу). А вот таблицы в БД должны всегда подчиняться нормализации, если не нужны проблемы. Так что второй вариант однозначно не годится, особенно если учесть, что планируется использование во время приложения DML команд для модификации таблицы, что противоречит всем законам разработки БД и здравого смысла в РСУБД. Поэтому необходимо сделать таблицу с полями:
Касательно интерфейса рекомендую просто убедить пользователей, что такой интерфейс недопустим, что это не Excel и предложить им вариант DW, где для ввода данных используется группировка по товару:
ТоварМагазинКол-во<Молоко>Магазин 1100 Магазин 2 Магазин 3200Всего товара 300<Хлеб>Магазин 1 Магазин 215 Магазин 310Всего товара 25
Соотвествующе для ввода разрешить только поле "Кол-во", получать данные для такого DW необходимо примерно так:
для записи изменений необходимо сделать соотвествующие хранимые процедуры и подцепить их в DW на Update Stored Procedure. Ну а дальше действовать в зависимости от особенностей своей РСУБД.

Leonid_BУбеждение пользователей рулит :)
А вот это уже политика. И если граммотно подойти к проблеме, поговорить с начальством пользователей на темы чего хотят пользователи - работать или красивые рюшечки смотреть, о сроках и стоимости выполнения заказа, о граммотности пользователей, об их отсталом видении интерфейса, в общем об чем угодно, но убедительно, то пользователи становятся мягкими и пушистыми. К каждому пользователю можно найти подход и компромисс в решении задач автоматизации, представления интерфейса и вопросам их обучения и работы, используя незатейливый метод кнута и пряника :)