mad_nazgulКак бы считается лучшей IntelliJ IDEA, но она платная.
Из NetBeans и Eclipse... я бы посотовал NetBeans.
Ну а так совет как и для Linux... Используйте то, что использует ваш консультант :-)
Да, чем пользуется заказчик/работодатель, в той среде и разрабатывайте ;-) Впрочем на вкус и цвет товарищей нет.
На первой Java работе был Linux, IDE - Borland JBuilder и Forte (тогда так NetBeans назывался). Сравнивать их с текищими версиями тяжело. NetBeans последний раз использовал 4.0, ничем особенным он не выделялся, возможно сейчас это уже другой продукт - так получилось что в дальнейшем обошелся без этого IDE.

Eclipse больше используется у буржуев и пожалуй на данный момент это IDE "по умолчанию", IBM-й RAD (Rational Application Developer) тоже базируется на Eclipse. В целом нормальный IDE но бывают подтормаживания, проблемы с обновлением метаданных проекта и тд - сeреднячок, периодически тупит но работать можно. Из плюсов - большой коммюнити (плагины, редакторы, толстые клиенты и тд).

IntelliJ есть бесплатная community edition - надежнее и шустрее чем Eclipse, лучше работают плагины для репозиториев (SVN, etc), можно работать в многооконном режиме. Российские разработчики часто "подседают" именно на IntelliJ, у меня остались самые положительные впечатления об ItelliJ (у них не только IDE для Java есть).

chpashauid uniqueшустрее чем Eclipse
неужели? это, если честно, для меня нечто новое. признаю правда, что юзал эклипс только в режиме "потыкаю-ка я его палкой".

Зависит от проекта, опыт у нас субъективен и у всех IDE есть свои слабости. Скрип и скрежет начинается когда рабочие проекты занимают больше гигабайта и еще отладка на сервере добавляется. Честно сказать, не фанат какого то специфического IDE, работал на всех основных в разное время, все по своему похожи, уже просто лень переключаться, вспоминать где какие кнопки тыкать и как проекты настраивать - работаешь на том к чему привык.

Если быть до конца честным, то Eclipse это больше чем IDE, просто один из проектов Eclipse это IDE для Java (+J2EE). JIDEA & NetBeans - более традиционные IDE, от частных компаний, с меньшим коммюнити разработчиков.

Из мелких недостатков в копилочку Eclipse - до сих пор не подхватывает изменения файловой системы в проекте сделанные снаружи, нужно делать "refresh" проекта из Eclipse (JIDEA с ранних версий синхронизировала внешние изменения).

GarrickЗдаётся мне вы сравнивали IDEA CE vs Eclipse EE, к тому же Eclipse была обвешана плагинами более, чем платная IDEA Enterprise.
Нет, просто время и проекты были разные - сравнение было не одновременным типа один проект и одно железо. Была коммерческая IDEA, community версией никогда не пользовался - оффшор в России использовал IDEA, я пересел временно на нее так как все на ней сидели в российском офисе. Потом был проект в штатах - сидел на RAD, когда проект продолжился уже как сопровождение в офисе заказчика (вводить в курс местную команду) и у заказчика не оказалось желания покупать лицензии на RAD то пересел на Eclipse. Зато был JRebel на всех разработчиков - более полезная вещь чем покупка платной IDE.