SELECT a,b,c,count(*)+ca+cb-2 as cc FROM 
  (SELECT *,count(*) as cb FROM 
    (SELECT *,count(*) as ca FROM test GROUP BY a) as tbl
  GROUP BY b) as tbl
GROUP BY c;

  a |    b  | c  | count(*)
---------------------------
1,4,5  1,4,5  1     3
  2      2    2     1
  3      3    3     1

a | b | c
-----------------
1  1  1
2  2  2 
3  3  3 
1  4  4
5  1  5

  a |    b  |  c  | count(*)
---------------------------
 1,5    1,4  1,4,5   3
  2      2     2     1
  3      3     3     1

a | b | c
-----------------
1  1  1
2  2  2 
3  3  3 
1  4  4

  a |    b  |  c  | count(*)
---------------------------
 1,5    1,4   1,4    2
  2      2     2     1
  3      3     3     1

a | b | c
-----------------
a1  b1  c1
a2  b2  c2 
a3  b3  c3 
a1  b4  c4
a5  b1  c5

  a     |    b    |  c     | count(*)
---------------------------
a1,a5       b1,b4  c1,c4,c5  3
  a2         b2       c2     1
  a3         b3       c3     1

a | b | c
-----------------
a1  b1  c1
a2  b2  c2 
a3  b3  c3 
a1  b4  c4

  a     |    b   |  c  | count(*)
---------------------------
  a1       b1,b4  c1,c4    2
  a2         b2     c2     1
  a3         b3     c3     1

  a     |    b   |  c  | count(*)
---------------------------
  a1       b1,b4  c1,c4    2
  a2         b2     c2     1
  a3         b3     c3     1

  a     |    b    |   c     | count(*)
---------------------------
a1,a5       b1,b4  c1,c4,c5     3
  a2         b2       c2        1
  a3         b3       c3        1
  a1        b1,b4    c1,c4      2
a1,a5        b1      c1,c5      2

SELECT 
  group_concat(DISTINCT t.a ORDER BY t.a) AS a,
  group_concat(DISTINCT t.b ORDER BY t.b) AS b,
  group_concat(DISTINCT t.c  ORDER BY t.c) AS c,
  count(*) AS total
FROM test
  LEFT JOIN test AS t ON
    (t.a=test.a OR t.b=test.b OR t.c=test.c)
GROUP BY test.a, test.b, test.c;

-в группу N входят:
--первая запись
--все записи, где первый столбец совпадает с первым столбцом начальной записи
--все записи, где второй столбец совпадает со вторым столбцом начальной записи (или с любым из уже накопившихся в группе? из примеров неясно)
-группа N сформирована
-убираем все записи группы N из общего набора и начинаем формировать группу (N+1)...

SELECT 
  group_concat(DISTINCT t.a ORDER BY t.a) AS ca,
  group_concat(DISTINCT t.b ORDER BY t.b) AS cb,
  group_concat(DISTINCT t.c  ORDER BY t.c) AS cc,
  count(*) AS total,
  test.*
FROM test
  LEFT JOIN test AS t ON
    (t.a=test.a OR t.b=test.b OR t.c=test.c)
GROUP BY test.a, test.b, test.c;

HAVING test.a NOT IN (test.ca)............