Присоединюсь к общему перегреву.

И он не сколько от температуры, сколько от многообразия и потому путаницы смыслов, стоящих за словами. Основная проблема – договориться. До этого о классификациях и их способах отображения в РБД бессмысленно говорить.

Начиная сначала, договоримся о том, с какой предметной областью имеем дело, что такое «объекты».
Я предпочитаю говорить об объектах не в ООП смысле, а как о наборе уникальных, в смысле обособленно мыслимых нечто, выделяемых в реальности для каких-то целей, в настоящей момент (то есть рассматривается статичная картина мира, на которую потом сверху можно наложить теорию изменения во времени).
Тут легко приводить примеры из материального мира, так как все штучные «объекты» в нем боле-менее легко выделимы, искусственные объекты тоже заведомо обособлены. Проблемы тут с непрерывными объектами, их пока предлагаю отложить в сторону куда подальше.

1. Что это за набор объектов? Основные проблемы понимания возникают из-за того, на мой взгляд, что это разношерстный набор в смысле сложности и т.д.
- То есть это никакие не элементарные объекты, из которых собираются сложные объекты и т.п. А это все объекты «всех уровней» если так можно некорректно выразиться. Например, тут есть и дома и улица, состоящая из домов. И узел и детали узла. И таблицы и записи таблицы. То есть это как бы никакое не множество.
- объекты могут ничем «внешне» не различаться, то есть их обособленность может быть чисто мыслимой, пространственной и т.д. Две гайки, две буквы АА, ... , граница море-суша. То есть эти объекты можно различить только посредством внешнего отношения (по отношению к пространству, отношению порядка). Или «внешнему свойству», различными значениями которого они обладают.

2. Если объекты изначально независимы, то к их совокупности как множеству можно применять порождающие операции над множеством: декартово произведение и булеан.
То есть для второго случая из множества N объектов можно получить N^2-1 различных подмножеств объектов, из них N подмножеств одноэлементных.
Тот, кто образует это подмножество, обычно явно либо неявно знает, зачем он это делает, то есть эти подмножества образованы по какому-то принципу («свойству», «отношению»). Получившуюся байду, подмножество, называют типом, классом и т.д., присваивают отдельное имя, групповые свойства.
Это, конечно, не все, так из полученных подмножеств можно произвольным образом сформировать подмножества подмножеств и т.д. раз до числа элементов. Соответственно, часть из этих подмножеств разных уровней образует дерево классификаций, то есть вложенные подмножества. Математики зачем-то еще считают число возможных классификаций на данном множестве (объектов).

3. Но проблема в том, еще раз, кто не понял, что изначально неизвестно, какие из объектов зависимы, какие нет, и как, первичное «множество» объектов не является множеством: базовым понятием кладутся «объекты», но они как бы не являются базовым понятием, потому что некоторые из них уже состоят между собой в неявных отношениях.

4. Сами подмножества (типы, классы) нужны и были введены для удобства именно групповой работы с объектами. Ее много всякой, этой работы – от поддержки групповой (системной) целостности до удобства создания объектов класса (по шаблону).
То есть их отменять нельзя, я считаю, это обязательная штука, нужна для устойчивости, удобства проектирования «скопом». Дело класса, типа – заведовать общностью всех тех, кто в него входит. Так что отказываться совсем нельзя.

5. Мне с детства не нравятся «свойства», так как понятие «свойство» недоопределено. Свойство, куда не плюнь, это характеристика отношения между несколькими объектами, то есть у объектов нет почти никаких «собственных» свойств, которые бы корректно можно было им приписывать. Это свойства отношений, точки зрения субъекта на объект (класс). Чуть ли не единственным собственным «свойством» «объекта» является он сам, единица. Тип, класс уже может обладать собственным свойством (тем принципом, по которому он собирает объекты в этот класс – каждый объект по отдельно может им и не обладать), плюс он всегда обладает собственным «свойством» «список элементов (число элементов) класса». Зато объектам часто приписывается свойство, которое можно назвать как «принадлежать классу» (масло-масленное «свойство» такое, запретить как собственное надо).

6. Грубо говоря, основная гипотеза в том, что типы (классы) с объектами типа (класса) по отдельности не ходят, только парами, и так «устроен мир как следствие теории множеств», то есть глупо иметь класс без представителей и нетипизированный объект тоже глупо. В этом смысле:
- класс как сущность появляется как только есть хоть один представитель (при создании объекта как Сахавату хотелось бы автоматом создавать его тип, но тут масса проблем);
- один представитель=вырожденный класс (множество из одного объекта никаких допсвойств кроме свойств самого объекта не несет, то есть такие классы запретить);
- если есть множество объектов, то заведомо потенциально есть все уникальные классы, которые можно из них образовать, то есть возможно они уже есть в списке объектов.
То есть я беру две детали, их совокупность (подмножество) называю классом «узел», но у меня уже есть объект «узел», со своими, блин, свойствами.

7. Это не я путаю, что такое класс, это я указываю на имеющее место путаницу. Человечество не решило, что оно называет классом – подмножество однотипных или множество любых; разбиение или произвольный набор подмножеств, само множество или его теорию (то есть имя, структуру, правило формирования или набор свойств множества, а не само оно).

7. Огромная путаница в «свойствах» и «значениях» свойств. Помимо того, что неизвестно, что такое «свойство» тут еще целая песня.

Рассмотрим все лишь некоторые отношения класса как множества и объекта в аспекте «свойств».
• И у того и у другого: идентификатор (уникальное имя) есть/нет. У производных множеств (термов, запросов) например, часто нет имен, так как они временные.
• И у того и у другого: свойства могут быть явные (заданные перечислением) и неявные (то есть кроме идентификатора свойства предполагаются, но не предъявлены, пока или вообще).
• И у того и у другого: свойства могут быть собственные (у классов и объектов, являющихся классами)/несобственные (то есть следствие других отношений).
• Класс обладает свойством, а его объекты значением свойства/класс обладает единым для всех объектов значением несобственного свойства.
• Объекты обладают обязательно различными значениями свойства класса/необязательно различными.
Не знаю, как вам, а мне очевидно, что для каждого сочетания будут свои технические методы (например, структура БД и функционал работы) реализации классификации. Например, объекты множества заданы перечислением, имеют несобственные свойства, и класс имеет несобственные (тем самым все объекты класса имеют его несобственные, наследуют попросту говоря, а класс может как обладать, так и нет их несобственными). Наоборот, класс имеет собственные свойства, например, сумма весов его объектов. Или класс есть терм на объектах, задано правило отбора совокупности объектов, то есть никакой объект в отдельности свойством не обладает.

Ну и ладно, для повышения температуры хватит пока.
В результате наличного перегрева проектировщики мира пребывают в полной шизофрении.
Это что касается сути вопроса "классификации".

А что касается хранения объектно-реляционно, то это на мой взгляд полная ерунда. "Я" бы и так и так одновременно, то есть ничего не мешает фоново отображать в форму, удобную для запросов, проверки целостности, интеграции. Даже, наверно, так и надо делать, это нормально, электро является и волной и частицей, и это никого не смущает.