17dufaдобрый день.
хочется хранить разреженную матрицу, причем кол-во столбцов меняется хоть редко, но рантайм.
простейший способ:
[row, column, value]
всем хорош, кроме одного - слишком длинная таблица в базе получается, возможно падение производительности.


Ничего страшного не будет. Никакого падения.
Если конечно делать правильно и не делать ошибок.

На самом деле это -- вообще ЕДИНСТВЕННЫЙ вариант решения такой задачи (как указано выше),
поэтому у тебя только два варианта дальнейшего развития событий:
-- делаешь этот вариант правильно, и он работает быстро,
-- делаешь этот вариант неправильно, и он работает медленно.

Неправильно -- это неправильно создаёшь индексы и неправильно пишешь запросы.
А структура БД -- единственный вариант, другого просто нет.


17dufaвариант
[row, number, value1, value2, value3...., value10] уже лучше. где 23-й столбец лежит в value3 у записи, у которой number == 2.
но при некоторых условиях (несколько значений в сильно разбросанных столбцах) получиться еще хуже, когда такая агрегированная запись будет создаваться на хранение одного единственного числа.
вариант
[row, number1, value1, number2, value2....., value10] - можно хранить, ну примерно сколько нужно (ну в 2 раза больше;), хотя бы не в 10 раз), но в таком случае я не представляю как на sql написать запрос - "хочу все строки, где значение столбец_33 больше 5".
есть ли какие-то общепринятые идеи на этот счет?


Это всё -- нарушения 1НФ, грубая ошибка проектирования БД.
Да и тупо работать на SQL с этой таблицей ты нормально не сможешь. Ни индексы создать, ни искать по этим value2...valueN.