Дополню. Это должно быть сделано не только для справочника номенклатуры - для вообще всех справочников. В частности, и для справочника контрагентов. Чтобы в нем не появлялись дубликаты в стиле "ООО Рога и Копыта", "Общество с ограниченной ответственностью Рога и Копыта" и "Рога и Копыта ООО"

Хорошо бы, да только в разных приложениях (1С:Бухгалтерия и МойСклад) разный функционал для реализации подобных вещей.

Кстати, в проекте интеграции приложений задвоение позиций справочников при их синхронизации - это не самая большая проблема. По крайней мере, такая проблема хотя бы потенциально устраняема скрупулезным и скаредным выявлением фактических задвоев и исправлением ссылок в одном из синхронизируемых приложений с удалением лишней позиции. Гораздо более существенная проблема в связях между справочниками один-ко-многим, многие-к-одному, а самую большую проблему создает многие-ко-многим. Приведу пример, чтобы было ясно, о чем речь. Например, в 1С все крестовые отвертки длины 120 мм и головкой PH2 - это одна позиция. А в МойСклад их 20 разных, потому что учитывается еще и производитель, материал и цвет ручки, и еще что-нибудь. И как из 1С данные, привязанные к одной позиции, передавать в МойСклад в привязке к 20 разным позициям? Никак. Потому что критерии рассортировки по 20 позициям утеряны в источнике, из которого происходит репликация. В этом случае, по крайней мере, возможна репликация со стороны "многие" в сторону "один", если в механизмах репликации прописаны четкие критерии, по которым 20 позиций в одном приложении могут преобразовываться в одну в другом.
Но когда в МойСклад 20 отверток, расклассифицированных по одним критериям, а в 1С 30 отверток, расклассифицированных совершенно по другим критериям, возникает связка "многие-ко-многим", в которой трансформация одной системы классификации в другую в принципе невозможна. И в этом случае корректная репликация невозможна ни в какую сторону.
Прежде чем запускать репликацию как таковую, необходимо проанализировать НСИ в разных системах на предмет подобных потенциальных проблем. И сначала наметить меры, по большей части ОРГАНИЗАЦИОННЫЕ , для приведения систем классификации в разных приложениях в унифицированный вид. Проблемы связей многие-ко-многии должны быть разрешены ДО ЗАПУСКА РЕПЛИКАЦИИ, а не после. После их разрешить, как правило, невозможно. Постремонт возникших проблем возможен скрупулезным ковырянием задвоений при связях один-к-одному.
К сожалению, некоторые руководители предпочитают не решать проблемы до того, пока с ними де-факто не столкнутся. А когда столкнутся, выясняется, что проблемы оказались трудно разрешимыми, либо неразрешимыми вовсе.