У меня есть NET Core Windows service, один из методов



Я хотел построить Docker с этим сервисом. Вопрос: сможет ли этот метод работать в сервисе, который в докере?
Т.е. по сути - из Линукса енумеровать файлы в Windows по указанному пути

Будет и не будет.
Функции будут, а если путь внешний, то вырваться из ящика можно, если только его явно мэпнуть. Во внешнюю сеть из докера пойти не получится, по крайней мере я не нашел как.